تأسست الهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية لتحقيق الأهداف التالية:

المشاركة الفعالة في تقديم الرعاية الطبية للمواطنين وفق السياسة الصحية المصرية بأعلى مستوى من الجودة والكفاءة في جميع فروع التخصص الطبي.
المشاركة الفعالة في تقديم الرعاية الطبية للمواطنين وفق السياسة الصحية المصرية بأعلى مستوى من الجودة والكفاءة في جميع فروع التخصص الطبي.
توفير فرصة كاملة للتدريب والتعليم الطبي لجيل جديد من الأطباء والفنيين ليكونوا قادرين على تلبية احتياجات المواطنين في مجالات الخدمة الطبية.
توفير الإمكانيات اللازمة للدراسات العليا والبحوث الطبية للمساهمة بفعالية في حل المشكلات الصحية للشعب المصري مع مواكبة التطور العالمي في مجال البحث الطبي.
تطبيق أفضل وأحدث أنظمة الطب الوقائي ومكافحة التلوث والحفاظ على البيئة.