في عام 1975، تأسست الهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية بالقرار الجمهوري رقم 1002 لسنة 1975 وتعتبر من المؤسسات التعليمية. وذلك في عهد وزير الصحة والسكان بمصر، الدكتور محمود محمد محفوظ، أستاذ الطب النووي والعلاج الإشعاعي، كلية الطب، جامعة القاهرة.
خطرت له فكرة بناء مؤسسة طبية تعليمية يمكنها تغطية الاحتياجات التدريبية للكادر الطبي وخدمة المرضى بأفضل النتائج وفي جميع التخصصات الطبية. ولها قوانين وأنظمة خاصة تختلف عن تلك الموجودة في المنظمات الطبية الأخرى في وزارة الصحة في جمهورية مصر العربية.
تأسست الهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية لتحقيق الأهداف التالية:
- المشاركة الفعالة في تقديم الرعاية الطبية للمواطنين وفق السياسة الصحية المصرية بأعلى مستوى من الجودة والكفاءة في جميع فروع التخصص الطبي.
- توفير فرصة كاملة للتدريب والتعليم الطبي لجيل جديد من الأطباء والفنيين ليكونوا قادرين على تلبية احتياجات المواطنين في مجالات الخدمة الطبية.
- توفير الإمكانيات اللازمة للدراسات العليا والبحوث الطبية للمساهمة بفعالية في حل المشكلات الصحية للشعب المصري مع مواكبة التطور العالمي في مجال البحث الطبي.
- تطبيق أفضل وأحدث أنظمة الطب الوقائي ومكافحة التلوث والحفاظ على البيئة.
- التعاون بين المستشفيات التعليمية والمعاهد المتخصصة وبين وزارة الصحة والكليات الطبية ومراكز البحوث الأخرى في مصر لتوفير التنسيق اللازم لتحقيق أهداف وغايات المنظمة.
أصدر الرئيس عبد الفتاح السيسي القرار رقم ٤٦٠ لسنة ٢٠١٧ بإعادة تنظيم الهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية.
وينص القرار، الذي نشر في الجريدة الرسمية، علي أن تتولي الهيئة من خلال الوحدات التابعة لها المساهمة بصورة فعالة في توفير فرص التعليم والتدريب الطبي المستمر لكافة التخصصات ذات الصلة بالعمل الطبي، والنهوض بالأبحاث والدراسات الطبية المتعلقة بإعداد الخطط الشاملة لحل جميع المشاكل التي تمس صحة المواطنين. ويشكل مجلس إدارة الهيئة برئاسة الوزير المختص، وعضوية كل من رئيس الهيئة، وعميدي كلية الطب بجامعتي القاهرة وعين شمس، وأمين عام المجلس الأعلى للجامعات، وخمسة من مديري الوحدات التابعة للهيئة، وعضوين من ذوي الخبرة والشخصيات العامة، وممثل عن وزارة المالية، وتكون مدة مجلس الإدارة أربع سنوات، ويصدر قرار بتعيينه من رئيس مجلس الوزراء