ومن الاتفاقيات التي أبرمتها (الهيئة):
- مذكرة تفاهم مع بيت الزكاه والصدقات المصرى من اجل تحقيق تعاون مثمر بين بيت الزكاه والصدقات المصرى والهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية فى علاج مستحقى الزكاه .
- عقد مع شركة تكنولوجيا تشغيل المنشات المالية لخدمة التحصيل الالكترونى الخاص بالبوابة الالكترونية لمركز التدريب بالهيئة.
- عقد مع شركة حكيم اونلاين لرفع الوعى العام عبر وسائل الاعلام المرئية.